Anorganische Stickstoffverbindung, die u. a. beim biologischen Abbau organischer Stickstoffverbindungen (z.B. Eiweiße). Gelangt Ammonium aus Kläranlagen, Düngemittelabschwemmungen u. a. in ein Gewässer, wird es dort unter Sauerstoffverbrauch (-Zehrung) durch Mikroorganismen zu Nitrat umgewandelt. Das in Kläranlagen gebildete Ammonium kann durch Nitrifikation und Denitrifikation weitgehend eliminiert werden. Stickstoffverbindungen fördern das Algenwachstum (Eutrophierung).
Ammonium ist Bestandteil des Stickstoffkreislaufes. Es sollte im Trinkwasser nicht vorhanden sein, denn es ist meist ein Hinweis auf eine massive Verunreinigung mit Jauche oder Abwasser. Nur in fast sauerstofffreien, sogenannten reduzierten Wässern kann es auf natürliche Weise vorhanden sein. Mikroorganismen oxidieren das Ammonium zu Nitrat