Zuständigkeiten im Bereich des Gewässerschutzes regelt das Grundgesetz. Der Bund hat nach Artikel 75 Nr. 4 Grundgesetz das Recht, Rahmenvorschriften über den Wasserhaushalt zu erlassen. Im Rahmen seiner konkurrierenden Gesetzgebungszuständigkeit für das Recht der Wirtschaft (Art. 74 Nr. 11 GG) hat der Bund das Wasch- und Reinigungsmittelgesetz erlassen.
Die übrige Gesetzgebungskompetenz in der Wasserwirtschaft, insbesondere zur Ausfüllung des durch den Bund vorgegebenen Rahmens sowie die Organisation des Vollzugs liegt bei den Bundesländern. Die für die Wasserwirtschaft und das Wasserrecht zuständigen Landes- und Kommunalbehörden, deren Kompetenzen in den einzelnen Ländern unterschiedlich geregelt sind, führen nach den Landeswassergesetzen die Genehmigungsverfahren durch und erteilen die entsprechenden wasserrechtlichen Bescheide. Die Behörden der Länder sind auch für den Vollzug und die Überwachung der Einhaltung der Bescheide (Auflagen usw.) zuständig. Einigen regionalen Wasserwirtschaftsverbänden sind nach den Landeswassergesetzen Zuständigkeiten übertragen worden, die in den Landeswasserverbandsgesetzen geregelt werden.
