Wie in der Abwasserreinigung (biologisch) lassen sich Mikroorganismen auch gezielt für die Reinigung von Abgas einsetzen. Dies wird dann als Biologische Abgasreinigung bezeichnet. Im Biofilter wachsen die Mikroorganismen auf festen Trägermaterialien (Torf, Rinde etc.) auf. Der Biowäscher hingegen bedient sich zusätzlich oder ausschließlich eines flüssigen Mediums, das die Mikroorganismen entweder enthält, oder dem filterähnliche Strukturen nachgeschaltet sind. Die Biologische Abgasreinigung findet aufgrund des günstigen Preis-Leistungs-Verhältnisses zur Geruchsbeseitigung und Abscheidung von Lösemitteln inzwischen breite Anwendung.
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