Die Desinfektion ist das Abtöten von Erregern übertragbarer Krankheite und ist bei Trinkwasser dann zwingend notwendig, wenn Coli-Bakterien, Fäkalstreptokokken oder hohe Koloniezahlen auftreten. Als Desinfektionsmittel stehen u. a. Chlordioxid, Chlorgas, Natriumhypochlorit oder Ozon zur Verfügung. Neben Chlorung ist unter bestimmten Voraussetzungen auch UV-Bestrahlung möglich